1990年9月，我国首个国家级海洋生态类型的珊瑚礁保护区——三亚珊瑚礁国家级自然保护区应运而生。保护区总面积85平方公里，下设亚龙湾珊瑚礁保护站、大东海珊瑚礁保护站、鹿回头湾珊瑚礁保护站和东、西瑁洲珊瑚礁保护站，主要保护对象是造礁石珊瑚、非造礁珊瑚、珊瑚礁及其生态系统和生物多样性。根据自然保护的需要而划分为核心区、缓冲区和试验区。对核心区内的珊瑚礁资源采取绝对保护措施。
三亚珊瑚礁自然保护区管理处副主任王俊杰说，目前在保护区海域有造礁珊瑚110余种（之前统计数字为87种）、浮游植物131种、浮游动物80种、鱼类296种，以及玳瑁、绿海龟和中华鲎等濒危物种。
浅海珊瑚多指造礁珊瑚，其分布相当广泛，太平洋、印度洋、大西洋的浅海水域中都分布有很多珊瑚礁石构成的小岛。由浅海珊瑚发育成的珊瑚礁平台，能大大地缓解台风、暴风潮等天灾对海岸生态的破坏作用，因此，世界环保组织通过决议，禁止采伐浅海珊瑚礁石，以保护陆地面积不被侵犯。
三亚珊瑚礁自然保护区也为许多珍贵优质鱼类提供了良好的生长、发育、繁殖场所。仅在鹿回头发现贝类300多种，海化石300多种，种类之多居全国之冠。这里既是热带海洋重要的生态防波堤坝，也是绝好的潜水旅游地点。
此次三亚珊瑚礁考察特意去了西瑁洲。 西瑁洲又称西岛，位于三亚市三亚湾内，每年都会吸引大量的游客前来潜水游玩。
据介绍，现在西岛珊瑚礁保护站共有4名工作人员，每天定期巡查保护，西岛珊瑚礁保护工作已经进入常态化。2010年，国家海洋局下拨中央海域使用金3000万元，在西岛建设珊瑚礁修复基地，目前这项工作正在积极推进之中。
另据悉，三亚市目前正在起草《海洋生态补偿管理办法》。未来，用海企业使用海域致海洋功能退化、海洋生态环境破坏，不仅要支付海域使用费，还须缴纳生态补偿金。